С 2002 года – вице-президент Фонда Андрея Первозванного и Центра национальной славы.
С 2006 года Наталья Викторовна Якунина является председателем попечительского совета всероссийской программы «Святость материнства».
Цель всероссийской программы «Святость материнства» – через восстановление духовного и нравственного потенциала российской семьи формирование в общественном сознании отношения к семье и материнству, отцовству и детству как к величайшим ценностям.
На международном уровне всероссийская программа «Святость материнства» сотрудничает с организациями, которые отстаивают традиционные семейные ценности.
Н. В. Якунина неоднократно принимала активное участие в работе международного общественного форума «Диалог цивилизаций», Всемирного конгресса семей, Международного фестиваля социальных технологий в защиту семейных ценностей «За жизнь».
Наталья Якунина входит в Координационный совет при Президенте Российской Федерации по реализации Национальной стратегии действий в интересах детей на 2012–2017 годы, в Патриарший совет по вопросам семьи и защиты материнства.
Является членом президиума Координационного центра защиты материнства и семейных ценностей при Синодальном отделе по церковной благотворительности и социальному служению, МОО «Союз православных женщин», координационного совета Национальной родительской ассоциации.
За особый вклад в дело укрепления духовно-нравственных традиций в обществе и развитие социального служения Русской православной церкви Н. В. Якунина награждена орденами преподобной Евфросинии, великой княгини Московской (II степени) и Святой равноапостольной княгини Ольги (всех степеней).