Учился в школах Славгорода и Павлодара (Казахская ССР). После окончания школы год работал художником-конструктором Павлодарского тракторного завода, затем служил в армии.
В 1976 году с отличием окончил Свердловский архитектурный институт. В 1978–1982 годах – художник-постановщик Свердловской киностудии на фильмах «Гонка с преследованием», «Дым Отечества», «Казачья застава», «Вот такая музыка».
В 1981 году окончил Высшие курсы сценаристов и режиссёров (мастерская Н. Михалкова). Работал ассистентом режиссёра у Никиты Михалкова на фильмах «Несколько дней из жизни И. И. Обломова», «Пять вечеров», «Родня». Режиссёрским дебютом Хотиненко стал фильм «Один и без оружия», который он снял в паре с П. Фархутдиновым в 1984 году.
Является заведующим кафедрой режиссуры во Всероссийском государственном университете кинематографии (ВГИК). Преподаёт режиссуру на Высших курсах режиссёров и сценаристов игрового кино. Руководит мастерской факультета режиссуры в Московском институте телевидения и радиовещания «Останкино».
С 26 июля 2010 года – член Патриаршего совета по культуре (Русская православная церковь).