В 1994 году с отличием окончил факультет вычислительной техники Армянского государственного инженерного университета.
Имеет степень MBA, которую получил в Университете Bentlеy (Бостон, США), а в 2009 году прошел обучение по программе AMP Гарвардской бизнес-школы.
С 2004 по 2011 год Ваган Варданян работал в группе «Ренессанс капитал».
С 2005 года возглавлял IT-блок, занимая должность управляющего директора.
Курировал вопросы обеспечения запуска операций на глобальных рынках, внедрения передовых технологий и платформ в области торговых операций, управления рисками, управления инвестиционными портфелями, управления клиентами. Отвечал за создание платформы интернет-трейдинга. Курировал вопросы непрерывности бизнеса и контроля бизнес-процессов. Руководил разработкой и внедрением ИТ-стратегии и вывел технологии группы на рынки СНГ, Европы и Африки.
С 1997 по 2004 год работал в компании BearingPoint Inc. (ранее KPMG Consulting) в России и США, где руководил проектами в области интеграционных решений, хранилищ данных и ИТ-стратегии для клиентов в финансовом и телекоммуникационном секторах.
С 1990 по 1993 год принимал участие в работах по созданию компонентной базы ЭВМ серии ЕС и «Эльбрус», работая в НИИ математических машин.