В 1997 Мария окончила юридический факультет Санкт-Петербургского Государственного Университета.
В период с 1994 по 2003 гг. являлась сотрудником ООО "Агентство интеллектуальной собственности "Эгида". С 1998 по 2005 гг. – патентный поверенный РФ по товарным знакам. С 2003 по 2005 гг. работала помощником судьи, заместителем начальника отдела статистики и обобщения судебной практики Арбитражного суда Санкт-Петербурга и ЛО. С 2005 и по настоящее время Мария Трохова является судьей Арбитражного суда Санкт-Петербурга и ЛО. Мария является соавтором книги "Ваша интеллектуальная собственность" (2001 г.)