В 1996 году окончил Санкт-Петербургский государственный университет по специальности теоретическая экономика.
В 1999 году возглавил фондовый отдел Санкт-Петербургской валютной биржи.
В 2003 году возглавил казначейство «Илим Палп Энтерпрайз».
В 2004 году занял пост первого заместителя начальника департамента корпоративных финансов компании «Российские железные дороги».
В декабре 2009 года Юрий Новожилов был назначен президентом, председателем правления Транскредитбанка.