Анатолий Милюков окончил факультет международной экономики Московского государственного университета с отличием.
В 2001 году он с отличием окончил школу MBA Гарвардского университета.
До перехода в Газпромбанк в феврале 2006 года Анатолий Милюков занимал должность главного управляющего директора УК «Альфа-Капитал» с 2001 года.
Анатолий Милюков начал свою профессиональную карьеру финансовым аналитиком во Всемирном банке и работал в Credit Suisse с момента открытия в России в 1994 – 1995 гг.
В 1995 году г-н Милюков основал компанию «Мосбизнестраст» (дочернее подразделение Мосбизнесбанка).
Затем Анатолий перешел в Мосбизнесбанк, где в качестве директора казначейства управлял инвестиционным портфелем в размере 700млн. долларов США.
В период кризиса 1998 года он продолжал работать в Мосбизнесбанке, руководя своим подразделением вплоть до его слияния с Банком Москвы.