С 1981 по 1986 год работал в Московском институте мясной и молочной промышленности. Там же защитил диссертацию в 1986 году и получил ученую степень кандидата технических наук.
В период с 1986 по 1991 год в Ереванском политехническом институте на кафедре машин и аппаратов пищевой и холодильной промышленности
с 1988 года заведовал кафедрой в ученом звании доцента.
С 1991 по 1998 год работал в Москве, занимал должности главного технолога, производственного директора, заместителя президента, председателя совета директоров группы «Черкизовский агропромышленный комплекс», ставшей за этот период лидером мясной отрасли Российской Федерации.
С 2006 года является независимым директором, членом совета директоров АПК «Черкизовский».
В 1998 году был избран президентом Мясного союза России, переизбран в этой должности.
С 1998 года занимается консалтингом для предприятий мясной отрасли и сопровождающих подотраслей, в частности занимающихся мясными технологиями и упаковкой пищевых продуктов. Руководит проектом по производственной реабилитации предприятий после кризисов.
Одновременно является членом совета директоров нескольких мясных холдингов в РФ.
Научные исследования Мушега Мамиконяна относятся к проблемам: