Родился 1 января 1961 года в городе Запорожье, там же получил среднее образование.
В 1978 году поступил в МГУ им. Ломоносова.
В 1983 году окончил его по специальности экономист-кибернетик, затем аспирантуру Центрального экономико-математического института АН СССР.
В 1986 году защитил кандидатскую, а в 1990 году докторскую диссертацию.
В 1999 году присвоено ученое звание профессора.
С 2000 года − член-корреспондент РАН.
В 2008 году избран академиком РАН.
Автор более 150 научных работ, награжден медалью Н.Д Кондратьева за цикл исследований длинных волн в экономическом развитии.
В 2000 году Русский биографический институт назвал Глазьева Человеком десятилетия за вклад в экономическую науку и поддержку отечественных товаропроизводителей, в 2002 году − Человеком года в номинации «Наука».
В 2003 году Глазьев вновь назван Человеком года за вклад в разработку и популяризацию идеи природной ренты и награжден премией в номинации «Государственная и политическая деятельность».
Решением Комиссии таможенного союза №1 от 4 февраля 2009 года Сергей Глазьев утвержден ответственным секретарем Комиссии таможенного союза.