В 1993 году окончил Уфимский государственный авиационно-технический университет.
В 2004 году – Международную школу бизнеса (МВА) на базе Академии народного хозяйства при Правительстве РФ.
В 1991 году организовал торгово-закупочное предприятие «Дека».
В 1995 году создал одну из первых инвестиционных компаний в Башкортостане – «Инвестнефтегаз», которая вскоре расширила свой профиль и была преобразована в инвестиционную компанию «Нефтегазинвест».
В 2002 году становится председателем совета директоров ОАО «Стеклонит»». Кроме того, Сергей Баянович Фахретдинов является членом совета директоров «Инвесткапиталбанка», членом совета директоров компании «Башнефтегеофизика».
В 2004 году возглавил отраслевое объединение «Производство стекловолокна» Общероссийской общественной организации «Деловая Россия».