Окончил Российский государственный аграрный университет – МСХА имени К. А. Тимирязева.
Более 20 лет проработал в сельском хозяйстве.
С 1983 года работает в ИСК РАН в должности старшего научного сотрудника, а с 1994 года – в должности заведующего сектором аграрных и продовольственных проблем США и Канады (ныне – Центр аграрных проблем США и Канады).
Занимается исследованием тенденций агропродовольственной политики США; современного состояния и перспективными направлениями совершенствования аграрного сектора экономики страны; законодательного регулирования агропромышленного производства; проблем продовольственной безопасности зарубежных стран и России; взаимоотношений в аграрной области между Россией и США; исторических аспектов сравнительного анализа развития сельскохозяйственного производства в России и США.
Борис Черняков опубликовал ценнейшие материалы своих исследований в монографиях «Аграрный сектор США в конце ХХ века», «Устойчивое развитие сельского хозяйства сельских территорий. Зарубежный опыт и проблемы России», «Биоклиматический потенциал России: теория и практика», «Биоклиматический потенциал России: методы мониторинга в условиях изменяющегося климата», а также в многочисленных статьях, докладах и выступлениях.
В последние годы Борис Черняков расширил свою научную и практическую деятельность, принимая активное участие в разработке стратегии аграрного комплекса России, создании первого сельскохозяйственного закона страны.
Большие заслуги Бориса Чернякова в организации и пропаганде комплексных научно-производственных исследований. Он держит тесную консультативную связь с ведущими аграрными регионами России.
За глубокие научные исследования и вклад в развитие АПК России награжден орденом «Знак Почета» (1975 год), Дружбы (2007 год), высшей отраслевой наградой – золотой медалью «За вклад в развитие агропромышленного комплекса России» (2005 год), медалью Всероссийского выставочного центра «Лауреат ВВЦ» (2007 год), стал лауреатом национальной премии Петра Столыпина «За личный вклад в формирование аграрной политики России» (2007 год).
В 2003 году награжден медалью Александра Васильевича Чаянова за большой вклад в подготовку кадров, научные исследования экономических проблем и развитие АПК России и зарубежных стран, медалью «Преобразование Нечерноземья России».