Окончила МГУ им. М. В. Ломоносова по специальности «экономическая география мира».
Основатель и первый руководитель практики по работе с образовательными и некоммерческими организациями в московском офисе компании Odgers Berndtson – международного лидера в сфере подбора, оценки и развития руководителей высшего звена, членов коллегиальных органов корпоративного управления и управленческих команд. Оставаясь лицом практики «Образование», с октября 2014 года до прихода в БФ «Система» в октябре 2015 года работала в должности заместителя исполнительного директора проектного офиса программы академического превосходства «5 – 100» Минобрнауки России, программы, направленной на повышение конкурентоспособности ведущих российских университетов.
Ранее в качестве директора по стратегическим проектам Московской школы управления «Сколково» отвечала за формирование стратегических альянсов, разработку новых проектов, привлечение пожертвований и развитие отношений с донорами и партнерами школы.
С 2001 по 2009 год была советником почетного президента и основателя компании «Вымпелком» Д. Б. Зимина, руководила семейным офисом Зиминых, а также была соавтором и руководителем благотворительного фонда Дмитрия Зимина «Династия» – одного из первых в России семейных благотворительных фондов, поддерживающих науку и образование.
Елена Чернышкова занимает позицию заместителя председателя попечительского совета Европейского университета в Санкт-Петербурге, входит в совет Форума Доноров и в совет Фонда развития Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Активно участвует в работе общественных организаций и проектов, выступает экспертом и модератором на российских и международных экспертных площадках и мероприятиях по вопросам развития образования, науки и благотворительности.
Искусство, научно-популярная литература, научные коммуникации, иностранные языки.