В 1972 году окончил Ленинградский механический институт.
С 1985 по 1991 г. – на дипломатической работе (второй, затем первый секретарь Постоянного представительства СССР при ООН).
Далее – председатель совета директоров АОЗТ «Международный центр делового сотрудничества», начальник Северо-Западной окружной инспекции Главного контрольного управления Президента Российской Федерации.
С октября 2000 года – заместитель министрa транспорта Российской Федерации.
С февраля 2002 года – первый заместитель министра путей сообщения.
С октября 2003 года – первый вице-президент компании «Российские железные дороги».
Распоряжением Правительства РФ №786-р от 14 июня 2005 года назначен президентом РЖД.
Владимир Якунин является председателем попечительского совета Центра национальной славы и Фонда Андрея Первозванного.
С января 2006 года − научный руководитель и председатель попечительского совета Центра проблемного анализа и государственно-управленческого проектирования при ООН РАН.
Распоряжением Правительства РФ №843-р от 12 июня 2008 года вновь назначен президентом РЖД.
Распоряжением Правительства РФ №987-р от 10 июня 2011 года вновь назначен президентом РЖД.