В 1975 году окончил ВГИК.
В 1975 году работал на Ленинградской студии документальных фильмов. В 1990 году основал свою киностудию «Рок». Дебютом в качестве режиссёра игровых фильмов для Учителя стал фильм «Мания Жизели».
В 2000 году он получил «Нику» и номинацию на «Хрустальный глобус» за фильм «Дневник его жены».
В 2001 году Алексей Учитель стал народным артистом России.
Фильм 2005 года «Космос как предчувствие» получил главный приз XXVII ММКФ – «Золотого Святого Георгия» и премию «Золотой орёл» за лучшую режиссёрскую работу.
С 2010 года – президент международного кинофестиваля документального, короткометражного игрового и анимационного кино «Послание к Человеку» («Message to Man») в Санкт-Петербурге.
Алексей Учитель является членом президиума Российской академии кинематографических искусств «Ника».