Окончил Санкт-Петербургский государственный университет по специальности «математические методы в экономике», защитил кандидатскую диссертацию.
С 2007 года руководил отделом корпоративного финансирования ОГК-1, в 2009 году − дирекцией проектной группы управления ОГК «Интер РАО ЕЭС».
С 2009 по 2012 год возглавлял департамент корпоративных финансов ФСК ЕЭС, затем стал директором по финансам в этой компании.
С 2012 по 2013 год по совместительству занимал должность директора по финансам холдинга МРСК.
В 2013 году Егор Прохоров назначен финансовым директором, а в последующем заместителем генерального директора по финансам компании «Россети».