В 1989 году окончила исторический факультет Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова со специализацией в области политической истории.
В 1997 году – Дипломатическую академию Министерства иностранных дел РФ, факультет политологии.
Соискатель степени кандидата политических наук.
Елена Панфилова является основателем и директором АНО «Центр ТИ-Р» с мая 2000 года. Работала в качестве исследователя и руководителя программ в Институте экономики переходного периода, в Организации экономического сотрудничества и развития (Париж, Франция).
Основное направление текущих работ и исследований Елены Панфиловой связано с выработкой антикоррупционной стратегии для стран с переходным типом демократии, исследованиями в области коррупции, разработкой законодательных проектов и инициатив в антикоррупционном поле и в области свободы доступа граждан к информации, мониторингом за применением законодательства в ранее перечисленных областях, мониторингом и исследованиями в сфере политической коррупции.
Елена Панфилова является автором и редактором множества статей в журналах, сборниках и отдельных книгах.