В 1987 году окончил Военный институт Министерства обороны СССР по специальности военный переводчик.
Приглашен в МТС в июле 2006 года.
С октября 2005 года Сергей Никонов занимал должность заместителя генерального директора ОАО «Силовые машины», где курировал управление персоналом и административно-хозяйственную деятельность.
С 2003 по 2005 год являлся заместителем генерального директора ОАО «РОСНО», руководил службами управления персоналом, административно-хозяйственной и внутреннего контроля.
В период с 1992 по 2002 год работал в Федеральной службе налоговой полиции.
Начинал свою трудовую деятельность в 1987 году в органах государственной безопасности.