Профессиональное образование Денис Никиенко получил, окончив в 2000 году со специализацией в области гражданского права юридический факультет Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова.
В 2009 году занимался по программе «GZPROM NEFT Leading in Global Economy» (INSEAD, Фонтенбло, Франция).
С 2010 по 2011 год являлся участником программы развития руководителей Skolkovo Moscow School of Management (Executive education, Москва, Россия).
С 1997 по 1998 год работал юристом в Инкомбанке.
С 2000 по 2005 год занимался адвокатской деятельностью.
С 2005 года – сотрудник группы «Сибур».
С 2009 года − директор юридического департамента, директор по правовой поддержке группы «Сибур» – управляющей организации «Сибур холдинг».