В 1994 году окончил экономический факультет Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова по специальности «экономическая кибернетика».
В 1994 году завершил обучение в Российской экономической школе с дипломом магистра экономики.
В 1997 году получил диплом магистра экономики в Университете Дьюка (Северная Каролина, США).
С 1994 года — консультант, старший эксперт, генеральный директор, научный руководитель Экономической экспертной группы.
С августа 2000 года — советник министра экономического развития и торговли Российской Федерации Германа Грефа.
С 2001 года — заместитель министра экономического развития и торговли Российской Федерации.
Со 2 сентября 2004 года — председатель наблюдательного совета Агентства по ипотечному жилищному кредитованию.
С апреля 2004 года — начальник Экспертного управления Президента Российской Федерации.
С 13 мая 2008 года — помощник Президента Российской Федерации.
С 2010 года Аркадий Дворкович является членом попечительского совета фонда «Сколково».
С 21 мая 2012 года является заместителем Председателя Правительства Российской Федерации (курирует ТЭК).
4 июля 2012 года назначен председателем Правительственной комиссии по мониторингу продовольственных рынков.